V rámci zabezpečení kvality svých produktů a služeb společnost ZAPA beton a.s. zavedla a úspěšně certifikovala systém řízení kvality (QMS) dle příslušné normy již v roce 1995 - na betonárně Kačerov. V následujících letech byl QMS dle ČSN EN ISO 9001:2001 zaváděn a certifikován na dalších (stávajících i nových) betonárnách společnosti. Ke konci roku 2008 vlastnilo certifikát QMS 19 betonáren oblasti Čechy a 29 betonáren oblasti Morava. Pro rok 2009 se plánuje mimo jiné certifikace QMS nové betonárny v Litvínově a v Aši a také se předpokládá postupná recertifikace všech stávajících certifikátů QMS dle nové ČSN EN ISO 9001:2009.
Nedílnou součástí systému managementu kvality je vrcholovým vedením stanovená politika kvality, která je v souladu se strategií, záměry, cíli a možnostmi společnosti a jako jednu z hlavních priorit definuje spokojenost svých zákazníků s nabízenými výrobky a službami. Zavádění, udržování a neustálé zlepšování systému managementu kvality a jeho následná kontrola jsou ve společnosti zajišťovány vysoce kvalifikovanými pracovníky. Vrcholové vedení provádí pravidelné hodnocení efektivity systému managementu kvality společnosti, včetně přijímání opatření k jejímu zvyšování a zajišťuje neustálé prohlubování povědomí všech svých zaměstnanců o systému managementu kvality zavedeném ve společnosti.
Snaha o zajišťování kvality pro zákazníky zahrnuje (mimo jiné) pravidelnou kontrolu a vyhodnocování reklamací kvality betonu. Autorizované laboratoře vykonávají průběžný dozor výroby. Společnost má propracovaný systém školení vedoucích provozů, dispečerů a obchodních zástupců.
Z dceřiných společností vlastní certifikát QMS dle ČSN EN ISO 9001:2001 ZAPA UNISTAV, s.r.o., EKO ZAPA beton, a.s., Beton Union Plzeň s.r.o. a Pískovny Hrádek a.s.
Na Slovensku byl zaveden a certifikován systém řízení managementu kvality dle STN EN ISO 9001:2001 na betonárně Košice v roce 2002. Ke konci roku 2008 mělo ve společnosti ZAPA beton SK s.r.o. certifikát QMS 10 betonáren. V roce 2009 se plánuje certifikace betonárny v Prešově a také postupná recertifikace všech stávajících certifikátů QMS dle nové STN EN ISO 9001:2009.